其三最主要的是，太平天国由广西起兵到天京定都，只不过短短的四年。领导阶层固然都是杰出的人物，但他们的成功过于迅速，从烧炭工人贫农，转眼间成了帝王将相，作为国家最高领导人，可以说没有经过严重的折磨和必须的训练，使他们不能适应新的形势。定都天京后不久，他们就走上黄巢、李自成的覆辙，立即开始腐败，习惯于他们所反对的堕落生活，而且被权力摆布得发狂，开国的领袖们大部分死于自相残杀。
——任何新兴力量都有两个最致命的危机，一是腐化，完全背弃他们最初的革命精神和奋斗目标。一是不能团结，发生一连串自斩手足式的内斗。太平天国如果在这两方面不失败，士大夫的民兵和外国人的干预，都不足以使他们失败。
在这三种压力下，太平天国终于不支。一八六四年，南京已被曾国藩的湖南兵团（湘军）包围了三年，洪秀全在围城中逝世，他的儿子洪继承王位。不久城破，太平天国最后一位新崛起的优秀将领李秀成，保护洪突围，但被湖南兵团冲散，洪失踪，李秀成被曾国藩擒获。李秀成被擒后伪装屈服，亲笔写了一篇供词，要求曾国藩派他去向仍散布在南中国各地的太平军招降。但曾国藩显然不愿跳进这个圈套，所以仍是杀了他。
李秀成死，太平天国灭，建立政权十四年。
太平天国所作的改革，至少使中国跃进一百年。而现在缠足、辫子、娶妾、吸食鸦片，以及等等其他被维护的“名教”，一一恢复旧观。只有一件没有恢复，那就是清政府手中的军权，从此转移到汉人手中。
七捻军·回变
太平军引发的战争限于南中国。
北中国的战争同样激烈，它是捻军发动的。捻军比太平军起兵为早，而结束却晚。
捻，作动词用时，指用大拇指和食指把纸片或棉絮搓成一条线样形状的动作。作名词时，意思是指“一小撮人”。本世纪（十九）初叶，淮河南北两岸广大的地区上，民间烧香拜佛，往往以一小撮人为一个团体，从事迎神和驱逐疫鬼的工作，一小撮人就称为一捻。他们在实质上是白莲教，但表面上不是。官员的贪污和水灾旱灾造成的饥馑，迫使农民大批离开土地，加入这种烧香拜佛的团体，到处流亡乞食。在乞不到食时，就向地主富户和官员士大夫家劫掠。清政府把他们当
作盗匪剿捕，他们飘忽不定，用游击战术抵制。
一八一四年，清政府听说捻军的领袖是一位名叫王妞子的女人，下令通缉，结果通缉不到。但经过这次打草惊蛇的搜捕骚扰，捻军遂逐渐由小股合并为大股，练成劲旅。当时清政府正在对付天理教和其他更严重的民变，对抢军没有采取更进一步的行动。
到了五十年代，太平天国定都天京（江苏南京），捻军领袖张洛行以安徽省蒙城县雉河集（安徽涡阳）为根据地，接受太平天国的封爵，分兵四出，攻城略地。清政府把征讨太平天国的责任交给曾国藩的湖南兵团（湘军），用汉人打击汉人。而由满洲兵团对付捻军，他们认为捻军比较脆弱。
一八六三年，张洛行被叛徒苗沛霖出卖，擒献给清政府以残暴闻名的剿匪总司令僧格林沁。张洛行的侄儿张总愚继续作战，于两年后的一八六五年，即太平天国覆亡的次年，在曹州（山东菏泽）把僧格林沁击毙。清政府最后一张王牌输掉了，不得不再依靠汉人，命曾国藩跟另一位也是民兵出身，被称为“淮军”（以安徽省人为主）领袖的李鸿章，乘消灭太平天国的余威，负责对付捻军。
一八六六年捻军被清军拦截，分为两支。张总愚亲率一支进入陕西省，称为西捻。另一领袖赖文光率领一支进入湖北省，称为东捻。一八六七年，东捻挺进到扬州瓦窑铺（江苏江都），在清军云集下覆没。明年（一八六八），西捻折回山东省，在在平县迷失道路，陷入黄河跟运河间的泥沼地带，也全军覆没。
捻军战争历时五十五年，而最后十六年辗转华中各地血战。他们没有最高的政治指导原则，也没有崇高的理想，只盲目地攻击清军或被清军追逐，只能骚动，不能成功。
在中国的中部地区，即以甘肃兰州为中心的广大范围，跟太平军和捻军兴起的同时，则有伊斯兰教徒的叛变。
中部地区的伊斯兰教徒，跟西部地区（新疆省）的伊斯兰教徒，最大的差异是，西部的伊斯兰教徒大部分是维吾尔人，他们几乎全部保持固有的风俗和言语。中部的伊斯兰教徒据说他们的祖先是阿拉伯人，于一千年前的八世纪唐王朝时，迁居中国，现在除了宗教信仰这一点之外，其他都已彻底华化，但在相貌上仍显露着阿拉伯血统，跟汉人比较起来，他们的鼻子较高，胡子较多。
中部伊斯兰教徒的行动分布三个地区：
一云南省一八五五年，云南回民领袖杜文秀在大理县（九世纪时南诏王国的国都）起兵。
二陕西省一八六二年，陕西回民领袖任武，在渭南县起丘
三甘肃省一八六二